وضم القسم الثاني سياسات الاستزراع المائي ومنها سياسة حماية البيئة، ويجب أن تضمن أنشطة وعمليات الاستزراع المائي في المملكة سياسة حماية البيئة، ولتحقيق هذا الهدف يجب أن يشمل نطاق هذه السياسة حماية النظم البيئية لأشجار المانجروف، وعدم إنشاء مشاريع تربية الأحياء المائية الجديدة داخل النظم البيئية لأشجار المانجروف.
وأشار الدليل إلى أنه إذا دعت الحاجة لإزالة بعض أشجار المانجروف من أجل مشاريع الاستزراع المائي الجديدة أو إذا كانت بعض المزارع تقع خلف غابات المانجروف، فيتم الالتزام بالبدء في إعادة التأهيل دون خسارة كبيرة لأشجار المانجروف.
وشدد الدليل على أن المملكة تحترم مصلحة المجتمع الدولي في اعتماد وتطبيق السياسات والمبادئ التوجيهية والإجراءات والممارسات التي يحددها المجتمع الدولي في أنشطة الاستزراع المائي.