وجاء في أمر الإحالة في قضية دير المنيا والمقيدة جنايات أمن الدولة، قيام أعضاء الخلية بتولي قيادة جماعة إرهابية، الغرض منها الدعوة لتعطيل أحكام الدستور والقانون، ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها، والتعدي على الحرية الشخصية للمواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي.
وكانت نيابة أمن الدولة العليا اتهمت الجناة بأنهم بيتوا عمدا مع سبق الإصرار والترصد، وعقدوا العزم على قتل مرتادي دير الأنبا صموئيل بالمنيا، وأعدوا لهذا الغرض أسلحة نارية وسيارات دفع رباعي، وقتلوا 6 مع سبق الإصرار والترصد من رواد الدير، وشرعوا في قتل 27 مواطنا آخرين وأعدوا لهذا الغرض أسلحة نارية وسيارات دفع رباعي.
وأضافت أنه تنفيذا لذلك أطلق المتهمون الأول والثالث والرابع أعيرة نارية على حافلتين في طريق رملي يؤدي للدير، وأتلفوا حافلتين مملوكتين للغير، ووجهت لهم تهمة سرقة هاتف محمول من طفلة بأحد الطرق العامة بطريق الإكراه، وسرقة سيارتين مستخدمين الأسلحة النارية.