وفي ما يتعلق بالتعويض لمنسوبي التشغيل الذاتي، تعتبر خدماتهم مكملة في ما يتعلق بالإجازات ومكافأة نهاية الخدمة، وسيتم نقل كامل رصيد الإجازات إلى شركة الصحة القابضة، ويجب على الموظف التمتع بالإجازة التعويضية قبل توقيع العقد، إذ إنه بعد توقيع العقد مع الشركة لن تنتقل أرصدة الإجازات التعويضية، وفي حال كانت الإجازة بعد بداية العقد يتم احتسابها من الرصيد الجديد ويجب على الموظف رفع طلب إجازة جديد. وأوضحت وزارة الصحة، أن المدد التالية لا تدخل في احتساب رصيد الإجازة العادية، وتتمثل في الإجازة دون راتب، وكف اليد وما في حكمه في حال الإدانة، والإجازة الدراسية، والإعارة لغير الجهات الحكومية، وغياب الموظف دون سند نظامي، والمدة التي يقضيها الموظف في السجن، ولا يدخل في ذلك المدة المستقطعة من إجازاته العادية إذا احتسبت منها بناء على رغبته المدة التي يقضيها في السجن، ومدة الابتعاث للدراسة في الخارج أو الإيفاد للدراسة في الداخل، ومدة التدريب في الداخل أو الخارج التي لا تقل عن سنة.