حاولت جماعة الإخوان الإرهابية عقب ثورة 25 يناير 2011، إيهام الأقباط ببناء علاقة ودية مع الكنيسة وتغيير الصورة المعتادة عنهم من هجوم وحرق كنائس، وتوددت الجماعة الإرهابية للكنيسة من خلال اللقاءات والتصريحات بشأن حمايتهم وكذلك حضور المناسبات في الكنيسة.
جرائم الإخوان ضد الأقباط
البابا تواضروس كشف في أحد اللقاءات، محاولات الجماعة الإرهابية التودد له طوال الوقت والتقرب منه، من خلال ادعائهم أنّهم يهتمون بهم وأنّ الكنيسة المصرية غالية عندهم، وكانوا يتصورون أنّه سيقتنع بهذا الكلام، لكن الأحداث والاعتداءات التي تمت على الكنيسة أظهرت كذب ادعاءاتهم.
ظهرت حقيقة الجماعة الإرهابية عقب توليهم مقاليد الحكم، حيث وصفت من جانب الكنيسة بـ«عدم وجود تفاهم متبادل»، وخرج البابا تواضروس بعد يومين من تجليسه فقط معترضا على مسودة الدستور الذي طرحته حكومة الإخوان قائلا: «الدستور يجب أن يكون شاملا ويعبر عن كل المصريين».
زرع الفتنة الطائفية وحرق الكنائس
حاولت جماعة الإخوان زعزعة استقرار الدولة وزرع الفتنة الطائفية بين المصريين حيث شهدت فترة حكم الإخوان، عدة أحداث طائفية استهدفت الأقباط، ما زاد التوتر بين الكنيسة والجماعة، التي خالفت وعدها بحماية الأقباط كما حدث في الهجوم على الكاتدرائية المرقسية في أبريل 2013، الذي أوقع شهيدا وعدد من المصابين.
ونالت الكنيسة القبطية والأقباط النصيب الأكبر من استهداف الجماعة الإرهابية، حيث سجلت الإحصائيات أكثر من 90 كنيسة على مستوى الجمهورية، فضلا عن أحداث الفتنة الطائفة التي شهدت العديد من المناطق في الجمهورية، واستكمال سلسلة الإرهاب من حرق وهدم وتفجير الكنائس في الأعياد والمناسبات، فضلا عن استيلاء جماعة الإخوان المسلمين على أغلبية المقاعد في البرلمان، ما كان يهدد حقوق الأقباط.
وبعد تزايد الاحتجاجات ضد حكم مرسي، أيدت الكنيسة ثورة 30 يونيو التي أدت إلى إطاحته وقد ظهر البابا تواضروس الثاني في العديد من اللقاءات والمؤتمرات لدعم هذه الثورة، فضلا عن مشاركته مع الرئيس عبد الفتاح السيسي في إعلان خريطة الطريق مؤكدا أنها تتضمن سلامة مستقبل الشعبي المصري.