وراعى الجدول التدرج في العقوبة وتقدير العقوبات المالية حسب حجم الفعل وأثره على الوقف، وأن العقوبة تُستقطع من المخالف وليس من مال الوقف، حيث لا تطبق العقوبات إلا في أضيق الحدود وبعد استنفاد كل جهود التصحيح والمعالجة الممكنة، إذ يمر إقرار العقوبات بمراحل عدة تضْمَن تعزيز رغبة الواقف في تنفيذ شروطه، وحماية حقوق أصحاب المصلحة، وضمان تطبيق الأحكام النظامية ذات الصلة بالأوقاف.
وتراوحت أبرز العقوبات بين عزل الناظر أو إنذاره كتابياً أو تغريمه من 2500 إلى 10 آلاف ريال، عند ارتكابه مخالفات: الامتناع عن صرف عوائد الوقف للمستحقين، وعدم تسجيل أو تحديث أو التحقق من بيانات المستفيدين، والامتناع عن فتح قنوات تواصل مع الموقوف عليهم للإجابة على الاستفسارات، وتأخير صرف غلة الوقف عن المواعيد المحددة دون مبرر مشروع.